次世代シーケンサーは細菌やウイルスなどの塩基配列を解読するための機器で、一度に数千万～数十億もの塩基配列を同時決定できます。iSeq 100はイルミナ社で最も小型のシーケンサーで、1ランで2×150 bpの配列情報を400万個入手することができます。16SリボソームRNA解析により、母乳に含まれる細菌の種類や分布の解析に用いています。次世代シーケンサーを用いることで、培養が困難または不可能である細菌も解析することができます。